克隆战争已经进行了三年，绝地武士团率领的共和国军团与独立星系邦联陷入了一场席卷整个银河的苦战。分裂联盟的格非特将军和杜库伯爵（克里斯托弗·李 Christopher Lee 饰）劫持议会首相帕尔帕庭（伊恩·迈克蒂安米德 Ian McDiarmid 饰）潜逃，绝地武士欧比旺·克诺比（伊万·麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）和阿纳金（海登·克里斯滕森 Hayden Christensen 饰）奉长老院命前去营救，阿纳金杀死杜库伯爵救出帕尔帕庭，但格非特将军逃匿。阿纳金梦见妻子阿米达拉（娜塔丽·波特曼 Natalie Portman 饰）将死于难产，困惑中求助于帕尔帕庭，后者趁此机会离间阿纳金与绝地长老院。随着阿纳金向帕尔帕庭的靠拢，一场针对绝地武士与其所捍卫之民主的阴谋逐渐展开。